Nunca
ocioso y procurando siempre servir a los demás, el tiempo parecía
alargarse para Fray Martín. Además de cuidar de la enfermería, barría
todo el convento, se encargaba del guardarropa, cortaba el cabello a los
doscientos frailes y era el campanero, ocupando en la oración entre
seis y ocho horas al día. Llegó a adquirir en algunas ocasiones las
cualidades de los cuerpos gloriosos y, atravesando puertas cerradas e
incluso paredes, entraba en aposentos donde su presencia era necesaria.
Aparecía aquí, allá y acullá repentinamente, para satisfacer su caridad.Había una huerta en la cual él mismo cultivaba las plantas que utilizaba para sus medicinas. Con ellas operaba verdaderos milagros. Repetía al enfermo: “Yo te medico, Dios te cura”. Y eso ocurría. Pero a veces se valía de las cosas más diversas para comunicar su virtud de cura, como vino tibio, fajas de paño para unir las piernas rotas de un niño, un pedazo de suela para curar la infección que sufría otro donado que era zapatero.
Cierta vez que se enfermó el Obispo de La Paz, de paso por Lima, mandó que llamasen a Fray Martín para que lo curase. El simple contacto de la mano del donado con su pecho lo libró de una grave enfermedad que lo estaba llevando a la tumba.
Entre los innumerables milagros que se le atribuyen a Martín, está el don de la bilocación (fue visto a la misma hora en lugares y hasta en países diferentes) y el de obrar una resurrección. Se cuenta también que estando con otros hermanos lejos del convento, cuando llegó la hora de volver, a fin de no faltar a la virtud de la obediencia, dio la mano a los demás, y todos levantaron vuelo, llegando así al convento en el momento previsto.